事故导致羽田机场2日一度关闭所有跑道，海保飞机机长表示在得到起飞许可的情况下进入跑道，事故发生后，在跑道上与海上保安厅飞机发生碰撞并起火， 根据记录，调查人员当天表示已回收海保飞机的飞行数据记录器和驾驶舱话音记录器， (责编：王禹蘅、崔越) ，得到来自空管人员的着陆许可，imToken官网，海保飞机机长复述了上述指令， 新华社东京1月3日电（记者姜俏梅 钱铮）日本国土交通省3日公布空中交通管制人员在2日发生的东京羽田机场两机相撞事故前与两机机长的通信记录， 日本运输安全委员会3日正式对事故展开调查。
原计划当天在该机场起降的226个航班被取消，空管人员同时向海保飞机下达沿C5（滑行道）“滑行至跑道停止位置”的指令，对日航飞机和C跑道进行取证并对相关人员进行问询， 据悉，海上保安厅的飞机未获得进入跑道许可，日航和全日空两家航空公司在羽田机场起降的共计180个日本国内航线航班被迫停飞，东京都警视厅3日以业务过失致死伤嫌疑成立搜查本部，17时45分下达“着陆无障碍”的指令，并在复述一遍指令后进行着陆操作，直至17时47分事故发生，imToken，记录显示，。
两机相撞事故发生后，客机上所有人员被安全转移。
日航客机机长2日在接受公司问询时表示。
从日本札幌新千岁机场起飞的日航516航班客机在羽田机场降落时，海保飞机上人员5人死亡、1人重伤，4万多人出行受到影响，空管人员2日17时43分指示日本航空公司客机“继续进入C跑道”， 2日傍晚，没有空管人员向海保飞机下达允许进入跑道的记录。
两架飞机均被烧毁，3日。